Dugaan kasus korupsi dana bantuan operasional pendidikan (BOP) untuk pesantren dan lembaga pendidikan Islam pada Kemenag pada tahun anggaran 2020 mencuat dengan total anggaran Rp 2,59 triliun.
Adanya temuan kasus dugaan korupsi 2,5 triliun ini, disampaikan oleh Uchok Sky Khadafi, Direktur CBA (Center For Budget Analysis) yang meminta kepada KPK untuk membentuk Tim pemburu atau Tim penyidik agar segera melakukan penyelidikan atas kasus dugaan korupsi Rp 2,5 Triliunan BOP.
Munculnya kasus dugaan korupsi ini memperlihatkan Kemenag yang belum bisa lepas dari kasus korupsi.
Dugaan korupsi BOP disebut dengan cara pembuatan pesantren fiktif, bantuan tidak tepat sasaran, dan program yang diduga dimanfaatkan untuk kepentingan kampanye.
Sebelum munculnya dugaan kasus BOP ini yang diduga Rp 2,5 Triliun, Kemenag juga sudah pernah terlibat dalam kasus Korupsi yang melibatkan Menteri Agama Suryadharma Ali terkait kasus korupsi pengadaan barang dan jasa dalam penyelenggaraan haji tahun anggaran 2012-2013.
Di era Kabinet Gotong Royong era Megawati Soekarnoputri, Menteri Agama Said Agil Husin Al Munawar juga terlibat kasus dugaan korupsi dalam penggunaan Dana Abadi Umat dan Biaya Penyelenggaraan Haji.
Berdasarkan laporan Kemenag bahwa anggaran program BOP untuk 21.173 Pondok pesantren (ponpes) yang mendapatkan bantuan, 14.906 ponpes kecil, 4.032 ponpes sedang, 2.235 ponpes besar.
Selain itu ada juga 62.514 madrasah diniyah dan 112.08 lembaga pendidikan Alquran.
Untuk Pesantren rata-rata digelontorkan bantuan Rp 25 juta sampai Rp 50 juta, dan Madrasah serta lembaga pendidikan antara Rp 10 juta sampai Rp 50 juta.